粪便自然发酵使用的危害大棚直接用鸡粪的灾难。自然发酵的粪便无害化处理不完全，含量大量的病菌病虫害杂草种子和蛔虫卵死亡率。

无论干湿鸡粪，未经渥酵都容易引发大棚毁灭性灾难，给棚户造成巨大的经济损失。科学合理的渥酵鸡粪是大棚种植的基本技术。

大棚蔬菜使用鸡粪易造成的四大灾害：

一、烧根，烧苗，熏棵，死株。

严重的成片或者满棚死亡，贻误农时，损失工费和种苗投资。尤其是冬春大棚内施用鸡粪安全隐患大；

二、盐化棚内土壤，果实不开个。

连年使用鸡粪，土壤中存留大量的氯化钠盐，平均每6方鸡粪含盐分30-40公斤，而每亩地含10公斤盐分已经严重制约土壤通透性和活性，固化磷肥、钾肥、钙镁锌铁硼锰等重要元素，出现植株生长异常，花蕾稀落，果实不开个等减产现象，显著制约了作物产量和质量的提高。因此造成了肥料利用率直线下降，一年不如一年，增加了投入成本50-100%；

三、诱发各种根际病害和病毒病害。

由于鸡粪造成了植株体内碳氮比失衡，加重了土壤盐泽化，致使茎基部和根部组织遭受化学创伤和严重破坏，给自身携带的大量病毒病菌、土传性带病细菌、病毒提供了入口和侵染机会，在湿度和温度一旦达到就会爆发病害。造成植株萎蔫，黄枯，萎缩不长，无花无果，甚至死亡；病毒病，疫病，茎基腐病，根腐病，青枯病成为使用鸡粪的后遗症；

四、滋生根结线虫。

鸡粪是根结线虫的宿营地和温床，自身携带根结线虫卵的数量为每1000克100个，鸡粪中的线虫卵易孵化，一夜之间倍增数万，土壤中的线虫在有鸡粪的地块发生率提高500%倍以上。线虫对化学药剂有敏感的趋避性，施药后线虫会迅速转移到地下50公分-1.5米的深处躲避，所以很难根治。尤其对于3年以上老棚，根结线虫是致命的隐患之一。