在羊粪有机肥生产线的堆肥发酵过程中，控制有害病菌的方法主要有以下几点：

1、优化堆肥工艺：根据搜索结果，优质的有机肥料堆肥发酵过程一般需要45-60天的时间。在堆肥前期的升温阶段以及高温阶段会杀死植物致病病原菌、虫卵、杂草籽等有害微生物。但是此过程中微生物的主要作用是新陈代谢、繁殖，而只产生很少量的代谢产物，并且这些代谢产物不稳定也不易被植物吸收。到后期的降温期，微生物才会进行有机物的腐殖质化，并在此过程中产生大量有益于植物生长吸收的代谢产物。

2、添加杀虫、杀菌剂：在堆肥过程中，有机肥要充分腐熟。大部分有机肥常带有病菌、虫卵和杂草种子，因此在堆沤发酵后的有机肥中加入辛硫磷等杀虫、杀菌剂后再进行使用。

3、控制湿度和温度：根据搜索结果，羊粪在发酵过程中，需要消耗土壤中的氧气，会导致植物根部短暂性缺氧，影响作物的生长，并且在这个过程中，有可能会产生甲烷、氨等有害气体。因此，控制好堆肥的湿度和温度，以保持适宜的微生物活动环境，是非常重要的。

做好通风管理：堆肥过程中，适当的通风可以保证堆内的空气流通，防止堆内产生过多的热量，影响堆肥效果。

以上就是在羊粪有机肥生产线堆肥过程中控制有害病菌的一些主要方法，希望对你有所帮助。