微生物菌种基因资源为传统产业特别是传统农业的改造和转型提供了不可替代的生物种质和基因资源，孕育和促进了我国新的生物技术产业尤其是农业高新技术产业的形成和壮大。目前我国一批拥有自主知识产权的重组微生物农药、肥料和饲料用酶产品以及以农业微生物基因资源为基础转基因植物的产业规模在逐步扩大，直接依赖于农业微生物技术和基因资源的我国农业生物产业的三个主要领域生物农药、生物肥料、饲料添加剂产品在2003年的年产值已达237亿元。
我国地域辽阔，自然生态复杂，有着世界上复杂多样的农业生态和各种污染形式的生态环境，是多种多样的微生物赖以生存的条件，成为世界上微生物资源丰富的国家之一。