生物有机肥具有增进土壤肥力、活化土壤中难溶的化合物供作物吸收的作用，可产生活性物质和抗、抑作物病害的物质，对农作物的生产有良好的刺激与调控作用，可减少或降低作物病虫害的发生，以及改善农产品品质等方面的作用。

生物有机肥总体属于有机肥一类，使用方法与数量基本与有机肥相同。

但在使用上与有机肥相比还需注意以下几点：
（1） 生物有机肥不能与农药混用，防止农药杀死肥料中活的微生物。
（2） 生物有机肥保存期不能超6个月，否则活的微生物会死亡一部分，降低了肥料的功效。
（3） 避免贮藏在高温的环境当中；避免阳光直晒，以免紫外线杀死肥料中的微生物。