有机肥菌种，即生物有机肥的菌种，把有机固体废物（包括有机垃圾、秸秆、畜禽粪便、淤泥、糟渣、饼粕、农副产品和食品加工产生的固体废物）经发酵、除臭和完全腐熟后加工而成的有机肥料。

生物有机肥的种类：农家肥：堆肥，沼渣等。
商品生物有机肥：商品化生产的生物有机肥。即农家肥商品化生产后的产物。

微生物有机肥：用微生物菌剂做功能菌的生物有机肥，如菌坚强菌种复配的有机肥.