新建有机肥厂需要注意以下问题：

1、有机肥原料进厂通道应独立且偏僻，与企业主通道分开。有机肥原料有可能是粪便，在运输过程中有可能会有掉漏。

2、员工生活区须与发酵车间和原料库分开。

3、办公区应尽量远离发酵车间和原料库，且办公区应在厂区的上风位置。

4、原料库-发酵车间-半成品车间-加工车间-成品库，应具有连续性，间隔不远。

5、有机肥生产主要有两个环节，一是发酵处理环节，二是粉碎造粒包装环节。

6、在原料发酵处理环节所占用场地相对较大，可以根据已购土地面积和投资资金来灵活选择发酵方式和发酵设备。