尽管堆肥系统不可能没有气味，但一个好的堆肥系统不应该产生不良气味。堆肥过程中可以用鼻子觉察潜在的问题。例如，如果你闻到氨的气味，你的混合物可能是氮含量太高（C/N比过低），应该添加一些象秸秆或木屑等物质作为碳源。如果你闻到霉味，有可能是混合物太潮湿，可以通过增加更多的填充剂来改善它。如果不改变这种状况，太湿的堆肥有可能进行厌氧发酵，产生硫的恶臭味，这一点不容忽视。在室外堆肥中，可以充分搅动堆体以改变厌氧状况，尽管这样做开始会使气味更明显。

一个堆肥系统臭味的大量释放，通常是一些重要管理因素被忽略或误解的象征。导致臭味的常见因素有：

1）  水分含量太高

2）  孔隙度不够

3）  培养基的迅速退化

4）  堆体过大

所有这些因素都使氧气在耗尽之前难以渗入堆体内部，或者使气流在发酵区域周围短路，这样就造成厌氧情况。氧气运输的一个机制是扩散，这是外部空气（21% 氧）和堆体内部氧气浓度（如果厌氧的话为0）不同的作用。在强制通风或一处鼓风的系统中，通过自然对流促进扩散，但这种作用一般局限于堆体上部和外部。即使是强制通风系统，鼓风机的作用也大大受制于通气孔隙，因为氧气扩散需要从大气孔送到小气孔以及固体微粒周围。